Уникальность Большой Валдайской тропы заключается в смене экологических систем: путешественники могут увидеть ельник-зеленомошник, широколиственный лес, бор, реки с бобровыми плотинами, голубые озера и разнообразные болота. Центральная часть маршрута проходит по территории особо охраняемой зоны национального парка. Маршрут оборудован интерактивными тематическими стендами и QR-кодами с дополнительной информацией.

Главная особенность территории национального парка – обилие водных объектов, которых насчитывается около 200. Озера соединяются реками, протоками, образуя протяженную озерноречную систему со сложными очертаниями береговых линий.

В 2004 году национальному парку «Валдайский» присвоили статус международного биосферного резервата в рамках программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера». Вся территория парка разделена на функциональные зоны с разным режимом охраны и использования.